認証キーを初期化した上で、再度紐づけ設定を行ってください。

認証キーの初期化方法は以下の通りです。

［システム設定＞セキュリティ設定＞二要素認証設定］から操作します。
1.［認証キーの初期化］をクリックします。
2.認証キーを設定済みの社員一覧が表示されるので、認証キーを初期化したい社員を選択します。
3.［保存］をクリックします。
4.「よろしいですか？」と表示されるので、［はい］をクリックします。

紐づけ設定は、以下のヘルプページをご参照ください。
二要素認証のうち、アプリ認証でログインしたいです。初回ログインはどのようにすればいいですか？