はい、可能です。

設定方法は以下の通りです。
※アプリ認証、SMS認証いずれにおいても同様の手順となります

［システム設定＞セキュリティ設定＞二要素認証設定］から操作します。
1.［除外社員の編集］をクリックします。

2.「二要素認証ログインを除外」をクリックし、「する」を選択します。
　二要素認証の適用対象外となる社員を選択します。［保存］をクリックします。

3.「よろしいですか？」と表示されるので、［はい］をクリックします。